《分裂细胞3：混沌理论》的故事起于 2007年6月29日（五）22:11 美国东岸神秘的大停电所造成的一连串混乱，背后疑似有着信息战的阴影存在，玩家们将扮演第三梯队里的顶尖干员─山姆.费舍尔（Sam Fisher），前往北韩调查并阻止信息攻击的新来源，为了达成任务，将运用到一些特别的反间行动来收集情报，压制瓦解敌对势力。
　　Sam Fisher 再次踏上征途

　　为了应付恐怖袭击，日本成立了“日本情报防卫部队”，可惜此举被其它国家视为违反日本战后宪法和国际法，当中尤以韩国和中国最为不满。其后，情报防卫部队头子更秘密地启动了“信息战争”攻击日本当地，并故意将过错推给北韩。当美国介入时，基于日本战后宪法第九条，美国同时也被情报防卫部队攻击，而北韩亦被迫先发制人地入侵南韩。

　　本作在技术上最让人称道的地方依然是超强的光影效果，每个游戏人物都有即时生成的阴影，并且诸如头发、耳朵等细微的部分都有逼真的阴影效果。人物阴影的浓淡会随着距离光源的相对距离而变化，玩家可以根据这个特点判断与的敌人的相对位置。游戏中还采用了DirectX 9.0C的最新光线散射效果，光线会随着物体表面的凹凸、整体环境的明暗、与光源距离的相对位置等而发生变化。

　　多人对战模式尚另细分了三种子模式：‘剧情模式(Scenario)’、‘夺取碟片模式(Disk Hunt)’、‘死亡对决模式(Deathmatch)’；其中‘剧情模式’将会有特定的目标待扮演间谍的玩家去完成，例如关闭特定仪器、带走硬碟机匣传送资料或是引爆炸弹等，当然，另一队雇佣兵玩家则是要不计一切的来阻止间谍玩家完成这些任务；‘夺取碟片模式’则是间谍队伍要带走关卡中不定数量的光碟，而雇佣兵则是要想尽办法不让他们带走光碟；‘死亡对决模式’则要战到一方倒下为止。

　　妙绝！表现更上一层楼

　　既然称为最强续作，《分裂细胞3：混沌理论》当然有着比一二集更富魅力的地方。这包括有以下数点：


　　1. 震撼的连环动作：新的图像引擎容许 Sam Fisher 加入更多细腻的动作，包括跑动、隐匿，以及暗杀等等。
　　2. 真正的未来武器：无论是 Sam Fisher 自己或敌人所使用的装备枪械，都尽量贴近现代的或是近未来的款式，即使是小如枪匣或配刀等每部份都经过精心设计。
　　3. 超逼真的画面：游戏中的画面像真度极高，而引擎的威力更可以表现出真实的物理反应、粒子光源效果、以及因应环境而有所变化的计算机 AI。
　　4. 耐玩度极高：玩家可以遁着自己所喜爱的方法来完成过关条件，而当中更包含了许多小型任务。
　　5. 与知己合作过关：游戏提供了与朋友联机合作过关的模式，体验多人乐趣。